Emir Kujović, født 22 Juni 1988 i Bijelo Polje, er en svensk-montenegrinsk fodboldspiller, der spiller for den svenske klub IFK Norrköping. Han er lillebror til Ajsel Kujovic.

Han vandt Allsvenskan i 2015 med IFK Norrköping, hvor han tillige blev topscorer.